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先天性羊癫疯的病因主要是遗传，还有，先天性畸形：如染色体畸形、先天性脑积水、小头畸形，胼胝体发育不全、脑皮质发育不全等。

先天性羊癫疯病是指患者在目前现有的医疗检查条件和医学诊断水平下，在脑部及全身找不到可以解释脑部病症的结构变化和代谢异常，这就是所说的先天性羊癫疯病。通俗地说就是找不到发病原因的羊癫疯。相信随著医学科技的不断进步和发展，一些过去无法查到病因的患者现在可以找到病因了。

引起羊癫疯病的原因还表现为：1)饮食不注意节制，冷热无常也是导致羊癫疯的原因。比如经常过量食用肥腻的食物，暴饮暴食，过多食用生冷及不卫生的食物等，都可能成为病因。中医讲究饮食有节，认为脾胃乃后天之本，人体所需要的营养都要靠津液气血输布，而这些全靠脾胃功能完成。饮食无节制，造成运化失职，积成痰饮，蒙蔽心窍，必然引起羊癫疯。2)传统医书上把它称作“胎痫”，意为胎里带来的。譬如大脑发育不全，脏腑功能先天不足等等，当然还包括遗传因素在内。3)精神过度紧张可导致羊癫疯，突然受到惊吓，心情抑郁，过分的激动、愤怒、伤感等对人造成精神刺激和精神创伤，形成发病的内环境。过度的精神刺激会造成体内气机紊乱，导致脏气不平，特别是突然惊恐，也都是直接导致羊癫疯。